明治初期，日本の地方自治は郡区と郡の下の町村で構成しようとしていた。結果的に，「ムラ」の力が強すぎたあまり中央集権的な「郡」制度は上手くいかず，今の市町村制になった。
明治政府は当初，古代の国郡制を復古するつもりでいた。現状にそぐわないとして，1869年に陸奥・出羽を分割し，北海道に国郡を設置したのもそのためだ。1889年に府県制を敷くころに旧来の国は廃止された。その頃はまだ郡を存続させるつもりでいたため,1900年には郡の統合が行われた。
町村が合併して市になったり，市が郡部を吸収して郡は消えていった。かつては町村を統括する自治体として，郡役所が置かれたこともあったが，行政の煩雑化から不評となり，ついに郡は名目に過ぎないものになった。郡の実質的な後継は，都道府県の地方事務所である。
1879年「郡区町村編成法」（沖縄には施行されず）時代に郡庁を各県に設置しようとしたが，反発が強く全国で完了したのは1899年であった。この当時の郡は自治体というよりは、国や府県の出先機関として、上意下達するためだけの存在だった。
この時は旧来の郡は統合されなかったが、広大な郡は分割された。
1879年当時の府県は１使３府３６県であった。（東蒲原郡は福島県，多摩地域は神奈川県，大阪南部と奈良は堺県，若狭は滋賀県で，富山・福井・奈良・鳥取・香川・徳島・佐賀・宮崎は無かった）北海道にも郡が設置されたが，人口が少なすぎて多数の郡を担当する郡庁があったようで、それは後に支庁となった。沖縄県は1879年に琉球処分されたばかりだったが，琉球王国時代からの地方事務所のようなものが存在した。
1879年当時，既に郡の領域から除かれる地区として,「区」があった。
東京は15区 麹町 神田 日本橋 京橋 芝 麻布 赤坂 四谷 牛込 小石川 本郷 下谷 浅草 本所 深川
京都は２区 上京（役所：現府庁の北西部） 下京（役所：下京消防署）
大阪は4区 東（役所：堺筋本町駅付近） 西（役所：現昭和橋付近） 南（長堀橋駅付近） 北（福島駅付近）
他は1区のみだった。
1888年に区は市に再編された。(沖縄は1921年，北海道は1922年)
1889年に香川県が独立し，現在の47道府県の形になった。
北海道には，1897年に支庁が設置された。
1900年に郡制は全面改正され，旧来の郡は統廃合されてしまった。
この郡制においては、郡そのものを地方自治体として定めるものだった。
以上のように，1879年から1900年の20年間に，明治時代の地方自治制度は整えられた。
その後府県⇒郡⇒町村という形で階層が一段階増えたことによる業務の煩雑化が批判され、
1923年、郡はその役目を終えることとなった。
参考：郡の変遷
1879年の郡役所所在地マップ
郡庁所在地町村名一覧 （）内は現在の地名 1900年の☆は市区部が独立した郡の郡庁
| 1879年計画 | 1900年4月1日郡制全面改正後 | |
| 区・市 | 東京15区・大阪4区・京都2区・伏見・札幌・函館・仙台・横浜・新潟・名古屋・神戸・堺・和歌山・岡山・広島・赤間関・福岡・長崎・熊本 ※伏見区は1881年に郡の管轄に戻される。 | 区（札幌・函館・首里・那覇） 他は市 弘前 青森 盛岡 高松 丸亀 松山 東京、京都、大阪、堺、横浜、神戸、姫路、長崎、新潟、水戸、津、名古屋、静岡、仙台、盛岡、弘前、山形、米沢、秋田、福井、金沢、富山、高岡、松江、岡山、広島、赤間関（下関）、和歌山、徳島、高松、松山、高知、福岡、久留米、熊本、鹿児島 岐阜 甲府 鳥取 佐賀 前橋 宇都宮 長野 四日市 奈良 青森 尾道 若松 丸亀 門司 高崎 小倉 |
| 開拓使 | （後の１９支庁の前身が郡庁である） | 札幌☆・岩見沢・旭川・室蘭・岩内・寿都・小樽☆・江差・松前・亀田☆・増毛・稚内・網走・浦河・帯広・根室・紗那 |
| 青森 | 五所川原 鰺ヶ沢 弘前 黒石 青森 田名部 七戸 八戸 | 五所川原 鰺ヶ沢 清水（弘前）☆ 黒石 青森☆ 田名部 七戸 八戸 |
| 岩手 | 福岡（二戸）軽米 大川目（久慈） 岩泉 川井 宮古 遠野 釜石 大更 仁王 日詰新田 里川口 黒沢尻 新町（西和賀）塩釜 一関 千厩 盛 | 福岡（二戸）久慈 宮古 遠野 盛岡☆ 日詰（紫波）花巻川口 黒沢尻 水沢 岩屋堂 一関 千厩 盛 |
| 宮城 | 志津川 佐沼 築館 岩出山 古川 中新田 広淵 石巻 涌谷 吉岡 原町☆ 長町 大河原 角田本郷 | 志津川 佐沼 築館 岩出山 古川 中新田 飯野川 石巻 元涌谷 吉岡 原町☆ 長町 大河原 白石 角田 亘理 |
| 秋田 | 花輪 能代 鷹巣 秋田 牛島 大曲 横手 湯沢 本荘 | 花輪 能代 鷹巣 土崎☆ 牛島 大曲 横手 湯沢 本荘 |
| 山形 | 秋田（酒田） 藤島 馬場（鶴岡） 小田島 楯岡 天童 旅籠（山形） 楯南 宮村 高畠 屋代（米沢） | 酒田 藤島 鶴岡 新庄 楯岡 天童 山形☆ 寒河江 長井 高畠 米沢☆ |
| 福島 | 中村 小浜（富岡） 平 三春 石川 棚倉 白河 桑折 福島 二本松 郡山 須賀川 田島 若松栄 坂下 高田 塩川 津川 | 中村 富岡 平 三春 石川 棚倉 白河 桑折 福島 二本松 郡山 須賀川 田島 若松☆ 坂下 高田（会津美里） 喜多方 |
| 茨城 | 高萩 太田 菅谷 水戸 笠間 下館 鉾田 麻生 江戸崎 谷田部 土浦 宗道 境 取手 | 高萩 太田 菅谷 水戸☆ 笠間 下館 鉾田 麻生 江戸崎 谷田部 土浦 宗道 境 取手 |
| 栃木 | 大田原 矢板 真岡 宇都宮 鹿沼 栃木 佐野 足利 | 大田原 矢板 真岡 宇都宮☆ 鹿沼 栃木 佐野 足利 |
| 群馬 | 館林 桐生 太田 伊勢崎 沼田 前橋 高崎 藤岡 富岡 安中 中之条 | 館林 桐生 太田 伊勢崎 沼田 前橋☆ 高崎☆ 藤岡 富岡 安中 中之条 |
| 埼玉 | 杉戸 岩槻 忍 熊谷 本庄 大宮 松山 川越 浦和 | 杉戸 岩槻 忍 熊谷 本庄 大宮 松山 川越 浦和 |
| 千葉 | 松戸 佐倉 千葉 佐原 銚子 木更津 東金 茂原 大多喜 北条 | 松戸 佐倉 千葉 佐原 銚子 木更津 東金 茂原 大多喜 北条 |
| 東京 | 下板橋 内藤新宿 千住 小松川 中野 北品川 | 千住 板橋 淀橋 品川 小松川 青梅 八王子 府中 大島 大賀郷（八丈）父島（小笠原） |
| 神奈川 | 青梅 八王子横山 府中番場 笹下☆ 神奈川 川和 横須賀 戸塚 藤沢大坂 大磯 関本 小田原 厚木 中野（津久井） | 笹下☆ 神奈川 川和 横須賀 戸塚 藤沢大坂 大磯 松田 小田原 厚木 中野（津久井） |
| 新潟 | 村上 新発田 新津 巻☆ 三条 与板 長岡 小千谷 六日町 十日町 柏崎 安塚 高田 糸魚川 相川 | 村上 新発田 新津 津川 巻☆ 三条 与板 長岡 小千谷 六日町 十日町 柏崎 安塚 高田 糸魚川 相川 |
| 富山 | – | 魚津 滑川 富山☆ 出町 石動 高岡 氷見 |
| 石川 | 魚津 富山 出町 高岡 氷見 飯田 輪島 七尾 羽咋 森本 松任☆ 小松 大聖寺 坂井港大門町 福井佐佳枝上町 大野 吉江日 武生 敦賀 佐柿 小浜 高浜 | 飯田 輪島 七尾 羽咋 津幡 松任☆ 小松 大聖寺 |
| 福井 | – | 三国 木田☆ 円山西 大野 朝日 鯖江 武生 敦賀 耳 小浜 高浜 |
| 山梨 | 大原 谷 鵜飼 市川大門 平等 甲府常磐 竜王 鰍沢 河原部 | 大原 谷 石和 市川大門 平等 甲府☆ 竜王 鰍沢 韮崎 |
| 長野 | 臼田 岩村田 上田 塩崎 屋代 須坂 中野 長野☆ 飯山 上諏訪 伊那 飯田 福島 北深志 豊科 大町 | 臼田 岩村田 上田 塩崎 屋代 須坂 中野 長野☆ 飯山 上諏訪 伊那 飯田 福島 松本 豊科 大町 |
| 岐阜 | 高山 大井 多治見 御嵩 太田 八幡 上有知 高富 笠松 岐阜☆ 北方 三輪 大垣 垂井 島田 高須 | 古川 高山 萩原 中津川 土岐津 御嵩 太田 八幡 上有知 高富 笠松 岐阜☆ 北方 三輪 大垣 垂井 高田 高須 |
| 静岡 | 下田 韮山 沼津 吉原 興津 静岡追手☆ 藤枝 川崎 掛川 森 見付 浜松 気賀 | 下田 韮山 沼津 吉原 興津 静岡☆ 藤枝 川崎 掛川 森 見付 浜松 気賀 |
| 愛知 | 田口 新城 富岡 豊橋 御油 足助 拳母 岡崎 西尾 知立 半田 熱田☆ 勝川 下小田井 小折 稲葉 津島 | 田口 新城 富岡 豊橋 御油 足助 拳母 岡崎 西尾 知立 半田 熱田☆ 勝川 西枇杷島 小折 稲沢 津島 |
| 三重 | 上野 名張 大泉原（員弁） 桑名 四日市 亀山 白子 新町（津） 久居 松阪 相可 宇治山田 鳥羽 尾鷲 木本 | 上野 名張 大泉原（員弁） 桑名 四日市☆ 亀山 白子 新町（津）☆ 久居 松阪 相可 宇治山田 鳥羽 尾鷲 木本 |
| 滋賀 | 敦賀 佐柿（美浜）小浜 高浜 今津 木之本 速水（湖北）長浜 彦根 中宿（愛知川）八日市 八幡 草津 大津 水口 | 今津 木之本 虎姫 長浜 彦根 愛知川 八日市 八幡 野洲 草津 大津☆ 水口 |
| 京都 | 下鴨☆ 太秦☆ 伏見 向日 宇治 田辺 木津 亀岡 比賀江（京北） 園部 綾部 福知山 舞鶴 宮津 峰山 網野 久美浜 | 下鴨☆ 太秦☆ 伏見 向日 宇治 田辺 木津 亀岡 比賀江（京北）園部 綾部 福知山 舞鶴 宮津 峰山 網野 久美浜 |
| 大阪 | 上福島☆ 天王寺☆ 安立 高槻 茨木 池田 地黄（能勢） | 福島☆ 天王寺☆ 茨木 池田 枚方 八尾 富田林 岸和田 鳳☆ |
| 兵庫 | 奧平野（夢野）☆ 住吉 西宮 伊丹 三田 明石 三木 社 中村 北条 寺家（加古川）曽根 姫路竜野 高岡 屋形 鵤 龍野 佐用 加里屋 山崎 篠山 柏原 豊岡 出石 村岡 和田山 洲本 | 西宮☆ 伊丹 三田 明石 三木 社 中村（多可）北条 加古川 曽根（高砂）姫路☆ 田原（福崎）龍野 佐用 赤穂 山崎 篠山 柏原 豊岡 出石 村岡 和田山 洲本 市 |
| 堺 | 堺☆ 岸和田 古市 八尾 枚方 奈良 御所 三輪 五條 | – |
| 奈良 | – | 奈良☆ 丹波市 郡山 高田 御所 八木 大三輪 宇陀松山 五條 上市 |
| 和歌山 | 新宮 田辺 薗浦 湯浅 秋月 清水 妙寺 | 新宮 田辺 御坊 湯浅 宮（和歌山）☆ 岩出 妙寺 |
| 鳥取 | – | 鳥取☆ 賀茂 吉岡 倉吉 米子 二部 |
| 島根 | 鳥取 賀茂 安井 吉岡 勝見 倉吉 赤碕 米子 二部 松江 広瀬 三成 大東 掛合 今市 中町（西郷） 佐摩 川本 浅村 益田本郷 後田（津和野） | 松江☆ 広瀬 三成（奥出雲）大東 掛合 今市 西郷 大田 川本 浜田 益田 津和野 |
| 岡山 | 下町 美作倉敷 勝加茂西 勝間田 綾部 津山 竹田 下弓削 桑下 久世 高田 西片上 吉原 町苅田 尾張 藤井 味野 金山 磐井☆ 高梁 下撫川 倉敷 玉島 井原 高松 河辺 下原 井村 新見 | 倉敷（美作）勝間田 津山 豊岡（美咲）勝山 片上 物理 邑久 富山（円山）味野 石井（岡山）☆ 高梁 倉敷 玉島 笠岡 井原 総社 東成羽 新見 |
| 広島 | 福山 府中（備後府中）小畠 西城 三次 甲山 尾道 忠海 四日市（西条）海田市☆ 南下安☆ 廿日市 加計 吉田 | 鞆 府中（備後府中）庄原 三次 甲山 尾道 忠海 西条 和庄☆ 南下安☆ 廿日市 都谷（北広島）吉田 |
| 山口 | 東屋代（周防大島）岩国錦見 室積（光）徳山 三田尻 上宇野令 萩 東深川 船木 大田 長府 | 屋代（周防大島）岩国 室積（光）徳山 三田尻 上宇野令 萩 深川（長門）船木 大田 長府☆ |
| 香川 | – | 長尾 平井 栗林☆ 土庄 坂出 丸亀☆ 観音寺 |
| 愛媛 | 津田 池戸 高松 土庄 坂出 丸亀 観音寺 川之江 西条 新屋敷 今治 北条 松山 久万町 郡中湊 大洲 八幡浜 卯ノ町 宇和島 城辺 | 川之江 西条 今治 松山☆ 久万 郡中 大洲 八幡浜 宇和 宇和島 御荘 |
| 徳島 | – | 撫養 川島 脇 池田 石井 徳島☆ 小松島 富岡 日和佐 |
| 高知 | 撫養 川島 脇 池田 石井 徳島 富岡 日和佐 安芸 赤岡 大埇 高知 伊野 須崎 中村 | 安芸 赤岡 大埇 高知☆ 伊野 須崎 中村 |
| 福岡 | 前原 雑餉隈☆ 西新☆ 箱崎 東郷 芦屋 直方 飯塚 甘木 田主丸 福島（八女）久留米 榎津 柳川 三池 小倉 行事 香春 八屋 | 前原 雑餉隈☆ 西新☆ 箱崎 東郷 芦屋 直方 飯塚 甘木 田主丸 福島（八女）北野（久留米）☆ 大川 柳川 三池 小倉☆ 行事 香春 八屋 |
| 佐賀 | – | 鳥栖 神埼 佐賀☆ 武雄 南鹿島 唐津 伊万里 |
| 長崎 | 轟木 神埼 佐賀 小城 武雄 高津原 唐津 伊万里 平戸 福江 上長崎☆ 大村 諫早 島原 武生水 厳原 | 平戸 福江 長崎☆ 大村 諫早 島原 武生水 厳原 |
| 熊本 | 高瀬 山鹿 隈府 内牧 横手☆ 宇土 辺田見 八代 佐敷 人吉 町山口（本渡） | 高瀬 山鹿 隈府 宮地 春日（熊本）☆ 三角 松橋 滝川 八代 佐敷 人吉 本渡 |
| 大分 | 中津 四日市（宇佐）高田 鶴川 日出 大分 臼杵 佐伯 市場 竹田 森 日田 | 中津 四日市（宇佐）高田 国東 日出 大分 臼杵 佐伯 三重 竹田 森 日田 |
| 宮崎 | – | 高千穂 岡富 高鍋 宮崎 飫肥 高岡 小林 都城 |
| 鹿児島 | 三田井 岡富 高鍋 上別府 飫肥 高岡 小林 都城 岩川 加治木 鹿屋 垂水 牛山 宮之城 隈之城 阿久根 市来 知覧 鹿児島 西之表 名瀬方金久 | 岩川 加治木 鹿屋 大口 隈之城 上出水 中伊集院 加世田 指宿 鹿児島☆ 西之表 名瀬 |
| 沖縄 | 首里 那覇 羽地 伊江島 美里 東風平 仲里 平良 大浜 | 首里☆ 那覇☆ 羽地 平良 大浜（石垣） |